Phùng Nguyên là xã mới được sáp nhập ngày 01/01/2020. Theo Nghị quyết 828/NQ-UBTVQH 14, ngày 17/12/2019 Về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Phú Thọ( gồm 03 xã Sơn Dương, xã Kinh Kệ và xã Hợp Hải cũ), thuộc huyện Lâm Thao, tỉnh Phú Thọ.
Phùng Nguyên là một vùng đất cổ, có truyền thống lịch sử và văn hóa lâu đời của huyện Lâm Thao, có nền văn hóa hội tụ của 03 xã (cũ) Sơn Dương, Kinh Kệ, Hợp Hải. Nằm trong vùng đất thuộc Trung tâm Quốc gia Văn Lang thời các Vua Hùng dựng nước. Trải qua nhiều thời kỳ lịch sử xã Sơn Dương, Kinh Kệ, Hợp Hải nay là xã Phùng Nguyên luôn thể hiện tính cần cù trong lao động sản xuất, kiên cường dũng cảm trong đấu trang chống thiên tai và giặc ngoại xâm; có tinh thần đoàn kết, giầu lòng nhân hậu, cùng nhau góp sức xây dựng quê hương ngày càng giàu đẹp.
Trong thời kỳ hội nhập kinh tế, nhất là trong sự nghiệp CNH – HĐH nông nghiệp, nông thôn có vị trí quan trọng trong việc xóa đói, giảm nghèo và góp phần phát triển kinh tế nông thôn. Nhận thức rõ vấn đề đó, Đảng bộ, chính quyền và nhân dân xã Phùng Nguyên vượt qua khó khăn thử thách, giành được những thắng lợi quan trọng trên tất cả các lĩnh vực: Chính trị, kinh tế - xã hội, an ninh quốc phòng. Đời sống nhân dân từng được cải thiện và từng bước nâng cao cả về vật chất và tinh thần. Năm 2022, xã Phùng Nguyên có 04 khu dân cư đạt khu dân cư nông thôn mới kiểu mẫu đó là: Khu Vu Tử, Hòa bình, Trung Thanh, khu 3. Phấn đấu đến năm 2025 xã Phùng Nguyên đạt xã nông thôn mới nâng cao.
Phùng Nguyên là xã đồng bằng nằm phía Nam huyện Lâm Thao.
- Phía Bắc giáp Thị trấn Lâm Thao.
- Phía Đông giáp xã Tứ Xã.
- Phía nam giáp xã Bản Nguyên
- Phía tây Giáp sông Hồng.
Diện tích :1.521,71 ha, có 3961 hộ, dân số 16.333 người, chia thành 17 khu dân cư, 27 chi bộ, có hơn 800 đảng viên. Có 06 trường học, 03 HTX, 05 di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia. Là một xã nông nghiệp chiếm 32,5%, xã có địa hình tương đối bằng phẳng thuận lợi cho phát triển kinh tế nông nghiệp, có đường quốc lộ 32C chạy qua dài 4,8 Km, đường Quốc lộ 2 10,1 km, đường liên xã và đường các khu dân cư, đường nội đồng được đổ bê tông 93,4%, có cụm công nghiệp đang xây dựng. Khí hậu ôn hoà, mưa lớn, bão lốc ít xảy ra, cơ sở hạ tầng từng bước được xây dựng ngày càng khang trang, đời sống của nhân dân đã được nâng lên, an ninh chính trị ổn định, trật tự an toàn xã hội được giữ vững.